La temporada siguiente se contrató a Unai Emery con el objetivo de volver a la Champions League, equipacion de holanda objetivo que no se alcanzó hasta dos años después. Los años siguientes, se adquirieron futbolistas como Villa, Kluivert o Morientes, pero también se apostó fuerte por jóvenes promesas como Raúl Albiol, Silva o Mata. Pese a la calidad individual de la mayoría de jugadores y las ambiciones que se pretendían, con el equipo envuelto en una complicada situación económica, social y deportiva, no se alcanzó ningún triunfo más allá de clasificar cada año para disputar la Champions, hasta que en 2008 se conquistó inesperadamente la séptima Copa a pesar de una vergonzosa campaña liguera en la que se sufrió hasta las últimas jornadas por mantener la categoría.
