Una vez más, tónica constante de la existencia verdiblanca, a un año de euforia le sucede otro de desasosiego, en la temporada 2005-06, el equipo rozó el descenso y se vivió una división absoluta entre presidente y entrenador y una crisis institucional desconocida desde finales de los 80. En la campaña 2006-07 el Real Betis hizo una pobre temporada, salvándose del descenso en la última jornada tras ganar por 0-2 al Racing de Santander en El Sardinero, equipacion seleccion española con dos goles de Edu.
