En los octavos de final de la Champions League contra el Inter el Bayern ganó 1-0 en el estadio Giuseppe Meazza, y Müller marcó en el minuto 31 de la segunda parte, pero el Inter marcó el 3-3 el minuto 88, para ganar por la regla de goles de visitante. 2-0 contra la Roma el 15 de septiembre, camiseta arsenal en un partido de la Champions League. También fue blanco del cabezazo de Pepe en el minuto 37, lo que dio lugar a la expulsión del defensa portugués.
