Claudio Pizarro se erigió partido a partido en uno de los goleadores del torneo alemán, en la temporada 2005/2006 le dio el título de la copa de Alemania, ante el Eintracht Frankfurt, al marcar un gol en la final a la salida de un córner, con lo cual el bayern lograría un doblete consecutivo algo histórico para el fútbol alemán. El Bayern de Múnich derrotó 1-0 al Eintracht Frankfurt y logró matemáticamente su título 23 del torneo alemán 2013. Los bávaros se anticiparon en la fecha 28 pese a la victoria del Borussia Dortmund. Bayern de Múnich derrotó a Borussia Dortmund en la cuarta final entre equipos de un mismo país. El 25 de mayo del 2013, Pizarro se consagró campeón de la Champions League 2012-13 con el Bayern de Múnich, que vencieron en la final 2-1 al Borussia Dortmund con un gol a los 89 minutos. En su participación en la Copa de la UEFA 2002-03 se enfrentó al PFK Metalurg Zaporizhia al que venció 1-0 empatando la vuelta 1-1. En segunda ronda su rival fue el Hapoel Tel-Aviv al que venció 1-0 en Elland Road y 1-4 en la vuelta. Su rival en la final fue la selección neerlandesa.
Durante esta misma temporada anotó siete goles en treinta y dos encuentros de liga, además marcó un gol más en la Copa Italia, donde la Lazio logró avanzar hasta los cuartos de final siendo eliminados por el S. S. C. Napoli. Durante la permanencia de la Juventus en la Serie B, disputó treinta y siete partidos y recibió veintiún goles, mientras que en la Copa Italia permitió cuatro goles en tres encuentros. En la escuadra turinesa consiguió dos Supercopas de Italia, dos títulos de Serie A y un campeonato de Serie B. Con 327 presencias con la camiseta bianconera es el tercer futbolista de origen no italiano con la mayor cantidad de encuentros disputados. Finalmente, luego de semanas de especulaciones, Pizarro fue contratado por el Bayern de Múnich y se le entregó la camiseta número 14 del club, un número histórico ya que fue llevado por mucho tiempo por Karl-Heinz Rummenigge. El Colonia ficha para la temporada 2017-18 al ya veterano delantero de 39 años, quien no tenía equipo desde su salida del Werder Bremen la pasada temporada, utilizando el número 39 en su camiseta y firmando contrato hasta el final de temporada.
Pizarro más tarde rechazó una extensión de contrato ofrecida por el presidente del Bayern, Franz Beckenbauer, exigiendo un aumento de salario que enfureció a Karl-Heinz Rummenigge, quien fue citado diciendo que «Cualquier persona que quiera ganar tanto como Shevchenko, es mejor que empiece a jugar como Shevchenko». 18 de noviembre de 2007, Pizarro, junto a otros jugadores de la selección de Perú, entre ellos Santiago Acasiete, Jefferson Farfan y Andrés Mendoza realizaron una fiesta en la que bebieron alcohol en compañía de prostitutas. A mediados de 2007, fue contratado por el club Chelsea de Inglaterra a pedido expreso del técnico portugués José Mourinho. El 20 de mayo de 2007, Bayern de Múnich anunció que Pizarro dejaría el club. También ganó la Copa Intercontinental disputada en Tokio en diciembre del 2001 luego de que el Bayern de Múnich derrotase por 1-0 al Boca Juniors de Argentina. Al día siguiente, su padre anunció que Claudio había decidido fichar por el Bayern de Múnich a la cadena ESPN. Pizarro fue vital para su equipo metiendo una asistencia en el minuto 91′ para que Anthony Ujah marcara el 1-2, el Bremen siguió enchufado con el ingreso de Claudio y acabó ganando el partido 1-3, los hinchas visitantes ovacionaron al Bombardero de los Andes en todo el Rhein-Neckar-Arena.
Una asistencia desde la derecha del capitán Philipp Lahm fue rematada por Bastian Schweinsteiger para dar el título a su equipo a los 52 minutos. Tuvo una buena actuación en su debut en la final de la Supercopa de Inglaterra en el mítico estadio de Wembley, ya en su debut en la Premier League, marco su primer gol para el equipo inglés. El 12 de noviembre, jugando el partido de la Liga de Campeones contra el Bayer Leverkusen a la edad de 41 años, 10 meses y 13 días, se convirtió en el segundo futbolista de mayor edad en participar en esa competición, camiseta de inglaterra solo por detrás de Marco Ballotta. El ‘Bombardero’ es el segundo peruano en alzar la Liga de Campeones (Ex Copa de Europa) junto a Víctor Benítez. FA Premier League inglesa, acentuando aún más su peor momento luego de batir el récord histórico como delantero menos prolífico en el Chelsea con solo dos anotaciones, esto debido a la poca continuidad que le daba el nuevo técnico, sin embargo en los pocos partidos que alternaba no desentonaba, como en el caso de los partidos de la Copa FA y la copa de la liga. Dicho campeonato lo reconoció en tres oportunidades como la figura del partido y desde que se inició la segunda rueda en febrero del 2003, tras recuperarse de una lesión, no dejó el titularato.
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