En 2012 el club decide no renovar a Unai Emery tras cuatro temporadas por un supuesto fin de ciclo, y Manuel Llorente contrata a Mauricio Pellegrino en su debut como entrenador, camiseta dinamarca sin contar con la opinión de la dirección deportiva ni del consejo de administración. El equipo dirigido por Unai Emery logró disputar cada temporada la Liga de Campeones, mientras el club incorporaba futbolistas jóvenes o poco conocidos que hacían disminuir el nivel de la plantilla.
